Wichtige Bestandteile der Vereinsarbeit unserer Bruderschaft bilden der Vorstand und der Thron.
Der Thron wird jährlich beim Vogelschießen im Mai ermittelt. Hier wird der Sieger des Vogelschießen zum für ein Jahr zur Königin bzw. König erkoren und erhält für ein Jahr die Königskette Schützenkönigs der St. Sebastianus Bruderschaft Winnekendonk. Um den Thron zu vervollständigen benennt der König oder die Königin seinen Hofstaat, der aus seinen Ministerinnen bzw. Ministern und deren Lebensgefährten sowie seiner Begleitung besteht.
Sie alle zusammen führen den Verein bei allen offiziellen Veranstaltungen an und repräsentieren den Verein damit in der Öffentlichkeit. Das ganze Schützenjahr wird am Königsthron ausgerichtet und alle Vereinsmitglieder versuchen dieses Jahr für den Thron zu einem einzigartigem Erlebnis zu machen. Den Höhepunkt bildet dabei die eigene Kirmes in Winnekendonk mit einem großen Königsgalaball am Kirmesfreitag zu Ehren des Schützenthrons.
Der Vorstand des Sankt Sebastianus Schützenbruderschaft setzt sich aus dem geschäftsführenden Vereinsvorstand gemäß der Satzung, sowie aus dem Erweiterten Vorstand zusammen, der aus dem Offizierskorps, dem Fahnenschwenkermeister, dem Schießmeister sowie den Fahnenoffizieren. Der Vorstand trifft sich in Regelmäßigen Vorstandsitzungen um Veranstaltungen und Versammlungen vorzubereiten und zu Planen sowie um über Anträge und die Tagesordnung der nächsten Versammlung zu diskutieren.